Como substituir as keys de um objeto ?

Basta declarar novamente. ;)

Uma outra solução é fazer:

obj["Nome"] = obj["1"]
obj["idade"] = obj["2"]
delete obj["1"]
delete obj["2"]

E se eu tivesse um objeto especificando as keys para substituir. Exemplo:

var parametros = {"1":"Nome", "2":"Idade", "3":"Cidade"}

var obj = {"1":"Rafael", "2":"Idade", "3":"Cidade"}

var obj = {"Nome":"Rafael", "Idade":"21", "Cidade":"SP"}

Como que eu percorro o objeto, comparo e substituo.