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Como realizar alteração do código da aplicação e realizar atualizações sem perder os dados?

Supondo que uma dada aplicação apresentava muitos erros funcionais, tais como não exportar relatórios, entre outros. Também apresentou erros de permissão em pastas para salvar os relatórios. O desenvolvedor corrige o código. Como atualizar a aplicação sem perder os dados guardados, pois é uma aplicação em produção. Sei que não posso dar o comando Docker-compose down porque aí vou perder tudo. Como devo proceder e em qual ordem? Devo apenas remover o container da aplicação e não apagar o container do banco de dados? E depois subir o container com a aplicação separadamente?

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Colocar banco de dados em container não é uma boa ideia, geralmente o DB fica fora de containers. Quando as pessoas falam sobre a execução de um banco de dados no Docker, elas não pretendem armazenar os dados em um contêiner; eles estão falando sobre ter uma imagem do docker com o software DB e montar os dados como um volume (um volume de ligação, não um volume de contêiner). Os dados ficariam separados do container, então você poderia subir o container da aplicação com a versão nova.