como possibilitar ao usuário 3 tentativas, mantendo o input?

Olá, Jeandrew, uma forma de dar 3 tentativas ao usuário seria ajustar o código assim:

<meta charset="UTF-8">

<input/>
<button>Compare com o meu segredo</button>

<script>
    var segredo = 5;

    var input = document.querySelector("input");

    var chance = 1; // criamos um contador para o número de chances

    function verifica() {

        if(input.value == segredo) {

        alert("Você ACERTOU!");
        button.onclick = false;  // para desativar o clique do botão

        }else if(chance == 3){

           alert("Suas chances se esgotaram. FIM");
           button.onclick = false;

        } else {

        chance++;

        alert("Você ERROU, tente novamente!");
        }

    }

    var button = document.querySelector("button");

    button.onclick = verifica;    

</script>

Espero ter ajudado. Bons estudos!