Como pontuar histórias em andamento que transbordaram para a próxima sprint?

o scrum não trata disso, mas existem algumas considerações adquiridas por experiência.

Uma vez que o time está sempre aprendendo e que uma historia inicialmente considerada complexa pode ser realizada de forma fácil, entende-se que um item que foi pontuado antes pode ser parecido com algo produzido na sprint atual. Assim, quando eu olho novamente para aquela história eu tenho outra noção dela e posso achar que ela seja mais complexa ou menos complexa.

Portanto, é muito interessante que se pontue novamente essa história, pois você terá o real entendimento do time no momento da pontuação.

Porém, nada impede que se mantenha a pontuação anterior, mas se isso for feito você estará atuando em algo que sabe que é mais fácil e ficar feliz, ou que ṕe mais difícil e ficar bastante irritado.