Olá, Renny... Tudo bem?
Então... tua dúvida pode ser respondida assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
var numeroQuestoes = 50;
var acertos = parseInt(prompt("Quantas questões você acertou?"));
document.write("Eu acertei: " + acertos + ".<br>");
document.write("Sua porcentagem de acertos é: " + ((acertos/numeroQuestoes)*100) + "%.");
</script>
Eu optei por inserir o número de questões como uma variável para deixar o programa mais genérico.... Daí é só alterar a quantidade de questões no início e prosseguir...
Explicando melhor o que coloquei no código....
O input em javascript é feito através de "prompt"... Quando tiver isso, sempre vai surgir uma tela para você inserir algo. No seu caso, o número de acertos...
Optei também por colocar o "parseInt", ele determina que o que você está colocando ali é um número inteiro já que se trata de número de questões.... é opcional, mas fica mais interessante declarar isso...
Qualquer dúvida, só perguntar! Bons estudos!