Como organizar os arquivos php em diretórios?

Quando você trabalha com framewoks de mercado, tipo Laravel ou Zend, geralmente os mesmos tem um diretório pra cada coisa específica.

Mas quando está construindo algo do zero, conforme é feito nos cursos de PHP do Alura, você pode organizar conforme já mencionou acima, por tipo de classes. Não existe um padrão específico, segue o seu senso mesmo.

Eu colocaria as classes de acesso a banco em um diretório chamada Banco, conforme você mencionou. Colocaria a classe PHPMailer e todas as outras que fizesse download na internet num diretório chamado classes_externas. Se eu definisse alguma classe, conforme a de NotasFiscais e Descontos muito usadas no curso de Designer Pattern do Alura, colocaria as mesmas em um diretório entidades e assim vai. Só seguindo o bom senso de organização de cada um.

Se tiver qualquer descoberta de padrão nesse sentido, posta aqui pra gente ver.

Obrigado Tarcísio, Quando terminar os cursos de php irei conhecer esses frameworks.