Como organizar o projeto em pastas?

Olá, Hudson! Tudo bem?

Sua pergunta é muito pertinente. Manter o ambiente de trabalho organizado é muito importante.

Essa é uma boa prática no mundo da programação. O uso do que chamamos de package nos permite separar nossos códigos em algumas categorias, facilitando o entendimento do código no futuro por você e por outras pessoas.

Aqui tenho um exemplo de organização utilizado no nosso curso de C III.

Aqui tenho uma pasta chamada "Curso C III" com todos os arquivos utilizados no nosso programa:

Todos esses arquivos nos permitem desenvolver o mesmo código, o jogo foge foge. O importante é que eles estejam na mesma pasta e nomeados de uma forma intuitiva. Por exemplo, o foge foge é parecido com um pac man e por isso necessitamos de um mapa para o jogo. Por isso temos arquivos separados que dizem respeito ao mapa. E com isso, podemos usar no nosso arquivo principal, o fogefoge.

Conseguimos utilizar esses arquivos da seguinte forma (Lembrando que estamos utilizando como exemplo o C):

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include "time.h"
#include "fogefoge.h"
#include "mapa.h"
#include "ui.h"

Dessa forma temos um código mais intuitivo e limpo.

Espero ter conseguido lhe ajudar de alguma forma. Qualquer dúvida que tenha ficado estou à disposição.

Abraços e bons estudos!