Boa tarde Fernando!
Na verdade, você vai logar um usuário verificando se ele existe e se a senha que ele inseriu bate com a que está cadastrada no banco de dados. Loga é o processo de autenticação em si.
Com o comando:
$_SESSION["usuario_logado"] = $email;
Você insere na variável superGlobal $_SESSION, no índice 'usuario_logado' o email do usuário; isto te permite saber que ele está logado, mas isso em si não é o processo de autenticação/login (pelo menos no meu humilde entendimento... rsrs alguém me corrija se eu estiver errado!).
Para você ter acesso ao id do usuário, você pode inseri-lo na superGlobal $_SESSION, da mesma forma que fez com o $email, e ela ficará sempre disponível enquanto a sessão durar (não sei dizer se isso seria uma má prática) ou então você faz uma query no banco e recupera essa informação (creio que seja o mais recomendado a fazer.
Qual seria sua necessidade de obter o id do usuário?