Oi Daniel, como você está?

Isso, o código 001(self.__codigo_banco = "001") estará associado a todas as contas criadas quando instanciamos a classe.

E se eu declarar um novo código de banco em uma conta? Ele se sobrepõe ao valor estático?

Para isso temos que receber no construtor o código de um banco. Veja o código abaixo:

class Conta:

    def __init__(self, numero, titular, saldo, limite, codigo_banco="001"): 
        print("Construindo objeto ... {}".format(self))
        self.__numero = numero
        self.__titular = titular
        self.__saldo = saldo
        self.__limite = limite
        self.__codigo_banco = codigo_banco

Observe que no exemplo acima utilizamos um valor padrão para o atributo codigo_banco, então caso o usuário não passe um valor para esse atributo, o valor padrão será 001, porém, caso o usuário passe um valor, o 001 será sobrescrito.

Qualquer dúvida é só falar, estou por aqui, tá bom?

Abraços!