Como Faço um update numa relação many to many

Jackson, fiquei com algumas dúvidas em sua pergunta. O que você quer dizer com "dificuldade de atualizar"? Está dando erro? Ou não está acontecendo nada? Você pode colocar o código deste exemplo para eu verificar?

Em uma relação many to many trabalhamos em cima do objeto principal. Acho que no seu caso seria o pacote. Daí fazemos as operações de Add, Update e Remove nos objetos filhos, que no seu caso seriam objetos de join.

O que eu faria era verificar como estão os objetos no ChangeTracker para descobrir que estados eles estão sendo registrados. Desta forma eu poderia entender como o objeto principal está se comportando em relação aos seus filhos.

Aguardo sua resposta.

Daniel editei a minha pergunta, coloquei o código e reformulei a questão. Aguardo retorno.

Opa, Jackson, desculpe a demora. Vamos lá.

Primeiro, o método SaveChanges() envolve todos comandos SQL que irá executar no banco em uma transação. Só há necessidade de explicitá-la caso o desenvolvedor deseje maior controle sobre a transação (por exemplo, mudando o nível de isolamento ou mesmo usar uma transação já existente). Saiba mais sobre esse assunto aqui.

Acho que não é preciso recuperar o serviço no SELECT que popula oldPacote.

var oldPacote = context.Pacotes
    .Include(p => p.ServicosLink)
    .Single(p => p.Id == pacote.Id);

Por fim, listo abaixo o código que uso para atualizar um objeto principal e suas relações many to many. A idéia é selecionar os objetos da classe de join que precisarão ser excluídos e incluídos usando a operação LINQ Except().

//cenário desconectado
using (var context = new DatabaseContext())
{
   var oldPacote = context.Pacotes.Include(p => p.ServicosLink).Single(p => p.Id == pacote.Id);

    var pacotesDeServicoAExcluir = oldPacote.ServicosLink.Except(pacote.ServicosLink);
    var pacotesDeServicoAIncluir = pacote.ServicosLink.Except(oldPacote.ServicosLink);

    foreach (var ps in pacotesDeServicoAExcluir)
    {
        context.Entry(ps).State = EntityState.Deleted;
    }

    foreach (var ps in pacotesDeServicoAIncluir)
    {
        oldPacote.ServicosLink.Add(new PacoteServico
        {
            Pacote = pacote,
            Servico = ps.Servico
        });
    }

    context.Pacotes.Update(oldPacote);
    context.SaveChanges();
}

Espero que tenha ajudado. Abraços!

Obrigado pela resposta. Atualizei o meu código com o seu código e tive um problema, o mesmo problema que me fez utilizar dois métodos SaveChanges() dentro de uma transaction. Este problema ele ocorre quando removo um serviço e depois tento adicionar novamente sem ter salvo antes, este erro acontece por estar usando a mesma id num metodo remove e antes de salvar uso novamente no método add.

Me parece que o método except esta retornando o que existe no array A em B, a principio except nao esta funcionando corretamente.

Segue abaixo erro e objeto.

Erro ao adicionar PacoteServico:System.InvalidOperationException: The instance of entity type 'PacoteServico' cannot be tracked because another instance of this type with the same key is already being tracked. When adding new entities, for most key types a unique temporary key value will be created if no key is set (i.e. if the key property is assigned the default value for its type). If you are explicitly setting key values for new entities, ensure they do not collide with existing entities or temporary values generated for other new entities. When attaching existing entities, ensure that only one entity instance with a given key value is attached to the context.

Json Atual

{
    "id": 9,
    "descricao": "Meu pacote",
    "valor": 22,
    "servicosLink": [
        {
            "servico": {
                "id": 1,
                "descricao": "Meu Servico ",
                "valor": 100,
                "pacotesLink": []
            },
            "servicoId": 1,
            "pacoteId": 9,
            "quantServicos": 0
        },
        {
            "servico": {
                "id": 2,
                "descricao": "Meu servico",
                "valor": 10,
                "pacotesLink": []
            },
            "servicoId": 2,
            "pacoteId": 9,
            "quantServicos": 0
        }
    ]
}

Meu novo JSON

{
    "id": 9,
    "descricao": "Meu pacote",
    "valor": 22,
    "servicosLink": [
        {
            "servico": {
                "id": 1,
                "descricao": "Meu Servico ",
                "valor": 100,
                "pacotesLink": []
            },
            "servicoId": 1,
            "pacoteId": 9,
            "quantServicos": 0
        },
                {
            "servico": {
                "id": 3,
                "descricao": "a",
                "valor": 10,
                "pacotesLink": []
            },
            "servicoId": 3,
            "pacoteId": 9,
            "quantServicos": 0
        }
    ]
}

Jackson, esqueci de avisar que para o Except() funcionar, é preciso sobrescrever os métodos Equals() e GetHashCode() na classe PacoteServico. Afinal, ele precisa saber o que é igual para calcular a diferença entre as listas.

Seguem minhas implementações destes métodos:

public override bool Equals(object obj)
{
    if (obj == null) return false;
    if (!(obj is PacoteServico)) return false;
    var ps = obj as PacoteServico;
    return (this.PacoteId == ps.PacoteId) && (this.ServicoId == ps.ServicoId);
}

public override int GetHashCode()
{
    return this.PacoteId.GetHashCode() + this.ServicoId.GetHashCode() + 765;
}