Como eu insiro uma pontuação aumentando de acordo com o nível que a pessoa escolher. ex. nível 1 fica x2, nível 2 fica 4x etc...

print("**********")
print("Bem vindo!")
print("**********")

numero_secreto = random.randrange(1,101)
total_de_tentativas = 0
pontos = 1000

print("Qual o nível de dificuldade?")
print("(1) Fácil (2) Médio (3) Difícil")

nível = int(input("Define o nível: "))

if(nível == 1):
    total_de_tentativas = 20
elif(nível == 2):
    total_de_tentativas = 10
else:
    total_de_tentativas = 5


for rodada in range(1, total_de_tentativas + 1) :
    print("Tentativa:", rodada, "de", total_de_tentativas)
    chute = input("Digite o seu número entre 1 e 100: ")
    print("Você digitou", chute)
    chute = int(chute)

    if(chute < 1 or chute > 100):
        print("Você deve digitar um número entre 1 e 100!")
        continue


    acertou = numero_secreto == chute
    maior = chute > numero_secreto
    menor = chute < numero_secreto

    if(acertou):
        print("Você acertou e fez {} pontos".format(pontos))
        break
    else:
      pontos  -= (nivel * 2)
        if(maior):
            print("Você errou! O seu chute foi maior do que o número secreto ")
        elif(menor):
            print("Você errou! O seu chute foi menor do que o número secreto ")
        pontos_perdidos = abs(numero_secreto - chute)
        pontos = pontos - pontos_perdidos


print ("fim do jogo")

Modifique o seu código no "else: if(maior)....", era isso que vc deseja? Tem uma outra alternativa que desconta os pontos com base no chute do usuário:

print("**********")
print("Bem vindo!")
print("**********")

numero_secreto = random.randrange(1,101)
total_de_tentativas = 0
pontos = 1000

print("Qual o nível de dificuldade?")
print("(1) Fácil (2) Médio (3) Difícil")

nível = int(input("Define o nível: "))

if(nível == 1):
    total_de_tentativas = 20
elif(nível == 2):
    total_de_tentativas = 10
else:
    total_de_tentativas = 5


for rodada in range(1, total_de_tentativas + 1) :
    print("Tentativa:", rodada, "de", total_de_tentativas)
    chute = input("Digite o seu número entre 1 e 100: ")
    print("Você digitou", chute)
    chute = int(chute)

    if(chute < 1 or chute > 100):
        print("Você deve digitar um número entre 1 e 100!")
        continue


    acertou = numero_secreto == chute
    maior = chute > numero_secreto
    menor = chute < numero_secreto

    if(acertou):
        print("Você acertou e fez {} pontos".format(pontos))
        break
    else:
        pontos_perdidos = abs(numero_secreto - chute)
        pontos -= pontos_perdidos
        if(maior):
            print("Você errou! O seu chute foi maior do que o número secreto ")
        elif(menor):
            print("Você errou! O seu chute foi menor do que o número secreto ")
        pontos_perdidos = abs(numero_secreto - chute)
        pontos = pontos - pontos_perdidos


print ("fim do jogo")