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Como eu faço para criar uma estrutura de projeto do protractor do 0? Sem depender da aplicação alvo do teste?

No curso só foi apresentado como utilizar o protractor com a aplicação e2e junto. Como gerar toda a estrutura do tsconfig.json e protractor.conf.js do zero? Pois por vezes as equipes de teste não desenvolvem no mesmo repositório que a equipe de desenvolvimento.

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Fala ai Camila, tudo bem? Para isso você vai precisar configurar bastante coisa do zero.

No caso do tsconfig.json, você pode dar uma lida:

https://www.typescriptlang.org/docs/handbook/tsconfig-json.html

Para configurar o Protactor:

https://www.protractortest.org/#/tutorial

Isso tudo fora as configurações do projeto em si, ou seja, Webpack, Babel, Angular, etc...

É muita coisa para configurar do zero na mão, recomendo utilizar ferramentas prontas.

No caso pode utilizar o Angular CLI, ele vai criar um projeto do zero com a base pronta para você (inclusive com o protactor).

https://cli.angular.io/

Espero ter ajudado.