Como diferenciar maiúsculo e minusculo

Olá Lucas,

Normalmente o que se faz para lidar com isso é garantir que a entrada do usuário esteja em uma formatação que você decida existem diversos métodos para isso como o .upper(), .lower(), .capitalizae() e cada um desses formatara a String recebida de uma forma diferente.

Segue o seu código com o método implementado:

usuario = input("Informe o usuário do sistema: ").capitalize()

if(usuario == "Flávio"):
    print("Seja bem-vindo Flávio!")
else:
    if(usuario == "Douglas"):
        print("Seja bem-vindo Douglas!")
    elif(usuario == "Nico"):
        print("Seja bem-vindo Nico")
    else:
        print("Usuário não identificado!")

Porém para o que você quer fazer eu faria de uma forma um pouco diferente, para se tiver que adicionar um novo usuário não tenha que criar um novo if, segue o código:

usuario = input("Informe o usuário do sistema: ").capitalize()
usuarios = ["Flávio", "Douglas", "Nico"]
if(usuario in usuarios):
    print(f"Seja bem vindo {usuario}")
else:
    print("Usuário não identificado!")

Assim quando você quiser adicionar um novo usuário é só colocar-lo na lista.

Outro problema também que pode acontecer é a diferença entre "Flávio" e "Flavio" que também vai dar erro.