Como criar uma pasta e um arquivo?

Kayo,

Você pode criar a pasta e o arquivo usando a biblioteca Apache Commons IO que facilita bastante a tarefa:

String originalInput = "test input";
String encodedString = Base64.getEncoder().encodeToString(originalInput.getBytes());

FileUtils.writeStringToFile(new File("/home/usuario/myfolder/arquivo.txt"), encodedString, StandardCharsets.UTF_8);

Como consta na documentação (https://commons.apache.org/proper/commons-io/apidocs/org/apache/commons/io/FileUtils.html#writeStringToFile-java.io.File-java.lang.String-java.nio.charset.Charset-) caso os diretórios "parent" não existam, o método já cria pra você.

Para usar esta biblioteca, inclua a dependência abaixo no seu pom.xml:

    <dependency>
        <groupId>commons-io</groupId>
        <artifactId>commons-io</artifactId>
        <version>2.11.0</version>
    </dependency>

Espero ter ajudado.