Oi Christopher tudo bem?
Temo dizer que não tem uma receita de bolo. A W3 , consórcio que administra e padroniza a Web deixa isso muito aberto para os desenvolvedores.
Tudo depende do tipo de site que quer fazer. E o HTML é só uma das camadas, temos que se preocupar com UX (experiência do cliente), camada de backend (regras de negócio, autenticação e banco de dados), SEO (como o Google vai indexar seu site na internet, e como fazer para melhorar o ranking dele).
E se tiver mais pessoas no site temos que nos preocupar com versionamento e controle de arquivos (GIT), gestão de projetos, etc.
Mas se sua pergunta é só da camada Frontend eu faço assim. Imagino como vai ser o site na minha mente, começo fazendo o html, depois de colocar tudo no html, coloco o javascript , pondo todas as funções javascript que quero, e depois disso coloco o CSS .
Espero ter ajudado!!!