Glauber,
se o site permitir que você execute um script na página dele isso é uma vulnerabilidade de segurança.
E essa especificamente tem o nome de XSS, quando o site de alguma forma executa um script que não era para estar ali.
Os motivos para alguém não querer que vc execute um script são vários... que vai desde não permitir que vc modifique a aparência do site(com JS você pode manipular o DOM) como também evitar que vc roube infos do usuário. Essas infos vão desde sessão do usuário bem como qualquer outro dado colocado por ele: Cartões, senhas...
Abraços