Como alguém explicaria essa lógica ...

Olá Davyd, tranquilo?

Daria para ler da seguinte forma:

if (outraConta == null)
            {
                return -1;
            }

A instância atual precede/acontece antes, do que o objeto especificado pelo método CompareTo na ordem de classificação. Nesse caso especificamente, a outra conta não existe. Mas como retornamos o -1, ele entende dessa forma.

if (Numero < outraConta.Numero )
            {
                return -1;
            }

Esse é um caso semelhante ao visto acima, só que realmente é algo que precede/acontece antes, do que o objeto especificado pelo método CompareTo na ordem de classificação.

if (Numero == outraConta.Numero)
            {
                return 0;
            }

Esta instância atual ocorre na mesma posição na ordem de classificação que o objeto especificado pelo método CompareTo .

return 1;

Esta instância atual segue acima o objeto especificado pelo método CompareTo na ordem de classificação.

Espero ter ajudado. Abraços!