Estipulei que o array teria tamanho 4, está verificando corretamente o número de entrada com os números gerados, mas continua gerando números repetidos. Esse é o código da parte da geração dos segredos.
//entrando com os segredos
while(contador < 4){
var repetido = false;
var numeroSorteado = Math.round((Math.random() * 9) + 1);
for(var i = 0; i < segredos.length; i++){
if(numeroSorteado == segredos[i]){
repetido == true;
break;
}
}
if(repetido == false){
segredos.push(numeroSorteado);
contador++;
}
}