Boa Tarde, um programa que adivinha senha é interessante mas acho que essa aproximação não é tão boa Pelo que entendi do seu código você esta adivinhado letra por letra algo que você já sabe, fiz algo similar abaixo:

alfabeto  = [chr(n) for n in range(ord('a'), ord('z')+1)] #gera alfabeto minusculo
def advinhasenha(senha):
    for i in range(len(senha)):
        for j in range(len(alfabeto)):
            if senha[i] == alfabeto[j]:
                print(alfabeto[j],end="") #imprimir letra correta, podeira ser um append a uma lista com letras corretas 
    print() #pular linha

senha = input("Digite uma senha: ")
advinhasenha(senha)

Não consegui identificar oque esta exatamente errado no seu algoritmo, mas o re escrevi dessas maneira, não entendi muito bem oque esse "k", mas agora ele esta funcionado com senha que possuem caracteres repetidos.

senha_input= input("Digite uma senha:")
tamanho =  len(senha_input)
senha = list(senha_input)
print(tamanho)
print("".join(senha))

alfabeto = [ "a","b","c","d","e","f","g","h","i","j","k","l","m","n","o","p","q","r","s","t","u","v","x","z","w","y"]
i=0
adivinha = []

for i in range(0,(tamanho)):
    adivinha.append(("a"))
print("adivinha agora é : " , "".join(adivinha))

i=0 # Marca posição do alfabeto
a=0 # Marca posição da senha
k = tamanho-1 # ????
while a < tamanho-1:
  if senha[a] != alfabeto[i]:
    print(f'i = {i} e a = {a}') #linha para imprimir na tela as interações e tentar identificar o erro
    i = i+1
  else:
    adivinha[a]=alfabeto[i]
    print(f'a = {a} e i = {i} e a senha atual é {"".join(adivinha)}') #linha para imprimir na tela as interações e tentar identificar o erro
    i = 0
    a=a+1

print("A senha digitada é: ","".join(adivinha))

Talvez para seria mais interessante hashar a senha antes, já que normalmente senhas são hashadas, e comprar os hash aos hashs de um permutação, assim:

import hashlib

# função que gera todas as permutações possíveis
def permutacoe(letters, len_senha_atual):
    # Se a senha for de tamanho 1, retorna a senha
    if len_senha_atual == 1:
        return letters
    # Se a senha for maior que 1, retorna todas as permutações
    else:
        return [x+y for x in letters for y in permutacoe(letters, len_senha_atual-1)]

# função testa todas as combinações possíveis para uma senha
def advinhasenha(senha_hash):
    alfabeto = [chr(n) for n in range(ord('a'), ord('z')+1)]
    len_senha_atual = 1
    tentativas = 0
    while True:
    # Permutações geradas por um heap
        print(f'Tentando senha com {len_senha_atual} caracteres')
        for permutacao in permutacoe(alfabeto, len_senha_atual):
            senha_atual = ''.join(permutacao)
            print(f'Tentando senha {senha_atual}')
            tentativas += 1
            if hashlib.sha256(senha_atual.encode()).hexdigest() == senha_hash:
                print(f'Senha encontrada: {senha_atual}, em {tentativas} tentativas')
                return # posso retornar a senha
        len_senha_atual += 1

senha = input("Digite uma senha: ")
len_senha = len(senha)  
senha_hash = hashlib.sha256(senha.encode()).hexdigest()

print(f'Senha: {senha}')
print(f'Hash da senha: {senha_hash}')

advinhasenha(senha_hash)

valeu Nicolas, obrigado pela explicacao detalhada. agradeco pela ajuda