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Solucionado
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Codificação

Tenho um problema com codificação a algum tempo já, se eu uso UTF-8 os caracteres com acentuação ficam bagunçados, se eu uso ISO-8859-1 algumas partes ficam zoadas, isso geralmente acontece quando crio o menu e o footer em paginas separadas, e incluindo no restante do site com include, mas nas páginas do menu e do footer não coloco codificação (UTF-8 ou ISO-8859-1), ou seja, ou o menu e o footer vão ficar zoados ou o body, o que posso fazer?

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Olá Zelino! Por favor mande seu código html para eu dar uma olhada.

Pesquisei algumas páginas, encontrei isso, como sugestão:

header ('Content-type: text/html; charset=utf-8'); // or header ('Content-type: text/html; charset=iso8859-15'); and add

Conforme link, http://stackoverflow.com/questions/2867771/php-include-and-accents-they-show-up-as

Ainda tem que se verificar se o banco está gravando corretamente com o Encondig, ainda não entrei no PHP com Banco, por isso não testei, segue link interessante: http://allseeing-i.com/How-to-setup-your-PHP-site-to-use-UTF8

Na verdade Leandro, o problema de codificação pode ser varias coisas. Por isso pedi a ele que mande o código para avaliar e dizer com certeza o problema.

Pode ser conflito se seu código tiver charset em 2 ou mais lugares.

Já conseguiu resolver ZELINO NIHUES JUNIOR?

Desculpem a demora pra responder galera, obrigado pela ajuda ai, vou mandar o codigo do meu "menu.php", e o meu index, esse é um site que fiz para um laboratório. Não deixei incluso, mas no topo logo depois do body, eu incluiria o menu com "include ('menu.php'), como precisava entregar o site, acabei fazendo da forma mais trabalhosa, copiando os menus para as outras páginas.

menu.php;

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        <!--INICIO DO MENU PRINCIPAL!-->
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            <ul class="nav navbar-nav">
                <li><a href="index.php">HOME</a></li>
                <li><a href="servicos.php">SERVIÇOS</a></li>
                <li><a href="convenio.php">CONVÊNIOS</a></li>
                <li><a href="sobre.php">SOBRE NÓS</a></li>
                <li><a href="fale.php">FALE CONOSCO</a></li>
                <li><a href="http://177.4.78.123:8080/ConcentWeb/servlet/hlab8000" target="_blank">RESULTADO ONLINE</a></li>
            </ul>
        </div>
    </div>
</nav>

index.php

<!DOCTYPE html>
<html lang="pt-br">
<head>
    <meta charset="utf-8">
    <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
    <!-- The above 3 meta tags *must* come first in the head; any other head content must come *after* these tags -->
    <title>Diagnose</title>
    <script src="js/bootstrap.js"></script>
    <script src="js/bootstrap.min.js"></script>
    <script src="js/jquery-1.3.2.js"></script>
    <link href="css/estilo.css" rel="stylesheet">
    <!-- Bootstrap -->
    <link href="css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">

    <!-- HTML5 shim and Respond.js for IE8 support of HTML5 elements and media queries -->
    <!-- WARNING: Respond.js doesn't work if you view the page via file:// -->
    <!--[if lt IE 9]>
    <script src="https://oss.maxcdn.com/html5shiv/3.7.2/html5shiv.min.js"></script>
    <script src="https://oss.maxcdn.com/respond/1.4.2/respond.min.js"></script>
    <![endif]-->

</head>
<body>
<div class="container-fluid">
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    <!-- Indicators -->
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        <li data-target="#myCarousel" data-slide-to="1"></li>
        <li data-target="#myCarousel" data-slide-to="2"></li>
    </ol>

    <!-- Wrapper for slides -->
    <div class="carousel-inner" role="listbox">
        <div class="item active">
            <img src="img/slide/frente1.png" alt="Diagnose" title="Diagnose" class="img-responsive">
        </div>

        <div class="item">
            <img src="img/slide/img2.jpg" alt="Diagnose" title="Diagnose" class="img-responsive">
        </div>

        <div class="item">
            <img src="img/slide/slideUltrassom.jpg" alt="Diagnose" title="Diagnose" class="img-responsive">
        </div>

    </div>

    <!-- Left and right controls -->
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        <span class="glyphicon glyphicon-chevron-left" aria-hidden="true"></span>
        <span class="sr-only">Previous</span>
    </a>
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        <span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" aria-hidden="true"></span>
        <span class="sr-only">Next</span>
    </a>
</div>
</div>
<div class="container">
        <div id="bemVindo">
              <p>Bem - Vindo à</p>
            <p>DIAGNOSE</p>
        </div>
        <div id="bemVindoDesc">
            <p>Temos o orgulho de oferecer uma combinação única de experiência profissional e respeito à saúde.</p>
        </div>

    <div class="row" id="boxServicos">
        <div class="col-md-offset-5 col-md-2 box">
            <a href="clinica.php"><p>CLÍNICA MÉDICA</p></a>
            <a href="clinica.php"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" id="seta"></span></a>
        </div>
        <div class="col-md-2 box">
            <a href="ultrassonografia.php"><p>ULTRASSONOGRAFIA</p></a>
            <a href="ultrassonografia.php"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" id="seta"></span></a>
        </div>
        <div class="col-md-2 box">
            <a href="laboratorio.php"><p>LABORATÓRIO </p></a>
            <a href="laboratorio.php"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" id="seta"></span></a>
        </div>
    </div>

<div class="jumbotron" id="servicos">
            <h3>NOSSOS VALORES</h3>
            <hr>
    <div class="row">
            <div class="col-md-4">
                <h4>Missão</h4>
                <p>Oferecer um atendimento personalizado proporcionando ao cliente/paciente segurança, confiança e individualidade, aliados à rapidez nos resultados para atender às necessidades de cada um e contribuir para o diagnóstico clinico de seu médico.</p>
            </div>

        <div class="col-md-4">
            <h4>Visão</h4>
            <p>Estar sempre atento às novas tecnologias e formação profissional alicerçado por um controle de qualidade que dê segurança e confiabilidade nos resultados, garantindo a satisfação do cliente/paciente.</p>
        </div>

        <div class="col-md-4">
            <h4>Valores</h4>
            <p>Primar pela qualidade no atendimento onde cada cliente/paciente é acolhido e respeitado como ser humano que necessita de apoio pessoal, profissional e humanitário.</p>
        </div>
    </div>

</div>

    <!--EQUIPE-->
    <div class="row jumbotron text-justify" id="equipe">
            <h4 style="font-weight:bolder;">NOSSA EQUIPE</h4>
        <hr>

        <div class="col-md-4">
            <a href="#" class="thumbnail">
                <figure id="equipe">
                    <img src="img/medico2.jpg" class="img-responsive">
                </figure>
            </a>
            <p>Dra. Maria Célia Binder da Silva</p>
            <hr>
            <div class="caption">
                Farmacêutica-Bioquímica, inscrita no CRF-2750 PR, graduada pela Universidade Federal do Paraná (UFP) em Curitiba no ano de 1981.
                Pós graduada em analises clinicas pela Centro de Pós Graduação (CBES)
            </div>
        </div>

        <div class="col-md-4">
            <a href="#" class="thumbnail">
                <figure id="equipe">
                    <img src="img/medico3.jpg" class="img-responsive">
                </figure>
            </a>
            <p>Dr. Volni Luiz da Silva</p>
            <hr>
            <div class="caption">
                Médico, inscrito no CRM 7937 PR, graduado pela Pontifícia Universidade Católica do Paraná (PUC), em Curitiba no ano de 1981.
                Especialista em ginecologia e obstetrícia com título conferido pela FEDERAÇÃO BRASILEIRA das sociedades de ginecologia e obstetrícia (FEBRASGO) e ASSOCIAÇÃO MÉDICA BRASILEIRA.
            </div>
        </div>

        <div class="col-md-4">
            <a href="#" class="thumbnail">
                <figure id="equipe">
                    <img src="img/funcionarios.jpg" class="img-responsive">
                </figure>
            </a>
            <p>Nossa Equipe</p>
            <hr>
            <div class="caption">Lucineia Maria de Lima Galende,
                Simone de Oliveira Moreira,
                Ana Paula de Jorgi Rodrigues.
                Uma equipe em constante formação, treinamento e responsabilidade que o cargo exige.
            </div>
        </div>
    </div>
</div>

<div class="container box-destaques-footer">
  <div class="row">
<div class="col-lg-4 col-md-6 col-sm-6">
<div class="row">
 <h3>Horário de Atendimento</h3>
    <hr>
<div class="col-sm-6">

    <span style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Clinica médica</span>
    <p>Seg - Sex 9:00 – 12:00 h - 14:00 – 18:00 h</p>
    <p>Sab 8:30 – 11:00 h</p>
    <p>Não atendemos UNIMED aos Sábados</p>
    <p style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Agende seu Horário</p>
</div>

<div class="col-sm-6">
    <span style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Laboratório</span>
    <p>Seg - Sex 7:30 – 12:00 h - 113:30 – 17:30 h<p>
    <p>Sab 7:30 – 9:30 h</p>

</div>

</div>
</div>

    <div class="col-lg-4 col-sm-12">
      <h3>Contato</h3>
      <hr>
<span style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Endereço:</span>
<p>Rua Padre Bernardo 1831, salas 1 e 2, centro</p>
<p>Santa Terezinha de Itaipu, Pr - CEP 85875-000</p>
<p>Fones: Clínica médica (45) 3541.2144 / 8822-6798 </p>
<p>Fone : Laboratório (45) 3541-2071 / 8822-7145</p>


    </div>
<div class="col-lg-4 col-sm-12">
<h3>Social</h3>
<hr>
      <div class="row">
        <div class="col-xs-2"><img class="img-circle" src="img/iconFace.png" alt="" width="32" height="32"></div>
        <div class="col-xs-2"><img class="img-circle" src="img/iconInsta.png" alt="" width="32" height="32"></div>
        <div class="col-xs-2"><img class="img-circle" src="img/icon-google-circle.png" alt="" width="32" height="32"></div>
      </div>
      <p></p>
      <div class="row">
        <div class="col-xs-6">
          <p class="btn btn-info"><a href="http://177.4.78.123:8080/ConcentWeb/servlet/hlab8003" target="_blank" style="color:#FFF">MANUAL ONLINE DE EXAMES</a></p>
        </div>
        <div class="col-xs-6">
          <p class="btn btn-info"><a href="faq.php" target="_blank" style="color:#FFF">DÚVIDAS FREQUENTES</a></p>
        </div>
      </div>

      </div>
    </div>
  </div>
</div>
<!-- jQuery (necessary for Bootstrap's JavaScript plugins) -->
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.3/jquery.min.js"></script>
<!-- Include all compiled plugins (below), or include individual files as needed -->
<script src="js/bootstrap.min.js"></script>
</body>
</html

Desculpem, mandei o código e ele foi interpretado já, não consegui mandar só o codigo fonte, rs;

ola...... ja tive um problema parecido com este.... mesmo colocando UTF-8 ele retornava alguns caracteres sem reconhecer.... uma dica seria verificar o formato do arquivo... Se vc usar o bloco de notas, no momento que salvar o arquivo, no campo "codificação" escolher o padrão utf-8 (alem de colocar dentro do codigo HTML)

Pois é, eu uso o phpstorm, até pensei que podia ser minha IDE, isso depois de tentar várias outras possibilidades, aí então tentei o sublime e até o notepad mesmo, porém, nada resolveu, acabei tendo que fazer do jeito difícil, colar em todas as páginas, pois estava com prazo apertado já para entregar o site, esses dias tive que fazer umas mudanças no menu, e deu mó trabalho, haha, mas ainda não descobri o que pode ser.

solução!

Tente salvar o arquivo Utf-8 without BOM, http://stackoverflow.com/questions/8432584/how-to-make-notepad-to-save-text-in-utf-8-without-bom

Cara, funcionou, salvei como "UTF-8 without BOM" o menu.php, e resolveu, me poupou um trabalhão..Obrigado