Desculpem a demora pra responder galera, obrigado pela ajuda ai, vou mandar o codigo do meu "menu.php", e o meu index, esse é um site que fiz para um laboratório.
Não deixei incluso, mas no topo logo depois do body, eu incluiria o menu com "include ('menu.php'), como precisava entregar o site, acabei fazendo da forma mais trabalhosa, copiando os menus para as outras páginas.
menu.php;
<nav class="navbar navbar-default" id="menu">
<div class="container-fluid">
<div class="navbar-header">
<button class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-target="#barra">
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a href="index.php" class="navbar-brand" id="logo"><img src="img/logoT.png" class="img-responsive"></a>
</div>
<!--INICIO DO MENU PRINCIPAL!-->
<div class="collapse navbar-collapse" id="barra">
<ul class="nav navbar-nav">
<li><a href="index.php">HOME</a></li>
<li><a href="servicos.php">SERVIÇOS</a></li>
<li><a href="convenio.php">CONVÊNIOS</a></li>
<li><a href="sobre.php">SOBRE NÓS</a></li>
<li><a href="fale.php">FALE CONOSCO</a></li>
<li><a href="http://177.4.78.123:8080/ConcentWeb/servlet/hlab8000" target="_blank">RESULTADO ONLINE</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</nav>
index.php
<!DOCTYPE html>
<html lang="pt-br">
<head>
<meta charset="utf-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<!-- The above 3 meta tags *must* come first in the head; any other head content must come *after* these tags -->
<title>Diagnose</title>
<script src="js/bootstrap.js"></script>
<script src="js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="js/jquery-1.3.2.js"></script>
<link href="css/estilo.css" rel="stylesheet">
<!-- Bootstrap -->
<link href="css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
<!-- HTML5 shim and Respond.js for IE8 support of HTML5 elements and media queries -->
<!-- WARNING: Respond.js doesn't work if you view the page via file:// -->
<!--[if lt IE 9]>
<script src="https://oss.maxcdn.com/html5shiv/3.7.2/html5shiv.min.js"></script>
<script src="https://oss.maxcdn.com/respond/1.4.2/respond.min.js"></script>
<![endif]-->
</head>
<body>
<div class="container-fluid">
<div id="myCarousel" class="carousel slide" data-ride="carousel">
<!-- Indicators -->
<ol class="carousel-indicators">
<li data-target="#myCarousel" data-slide-to="0" class="active"></li>
<li data-target="#myCarousel" data-slide-to="1"></li>
<li data-target="#myCarousel" data-slide-to="2"></li>
</ol>
<!-- Wrapper for slides -->
<div class="carousel-inner" role="listbox">
<div class="item active">
<img src="img/slide/frente1.png" alt="Diagnose" title="Diagnose" class="img-responsive">
</div>
<div class="item">
<img src="img/slide/img2.jpg" alt="Diagnose" title="Diagnose" class="img-responsive">
</div>
<div class="item">
<img src="img/slide/slideUltrassom.jpg" alt="Diagnose" title="Diagnose" class="img-responsive">
</div>
</div>
<!-- Left and right controls -->
<a class="left carousel-control" href="#myCarousel" role="button" data-slide="prev">
<span class="glyphicon glyphicon-chevron-left" aria-hidden="true"></span>
<span class="sr-only">Previous</span>
</a>
<a class="right carousel-control" href="#myCarousel" role="button" data-slide="next">
<span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" aria-hidden="true"></span>
<span class="sr-only">Next</span>
</a>
</div>
</div>
<div class="container">
<div id="bemVindo">
<p>Bem - Vindo à</p>
<p>DIAGNOSE</p>
</div>
<div id="bemVindoDesc">
<p>Temos o orgulho de oferecer uma combinação única de experiência profissional e respeito à saúde.</p>
</div>
<div class="row" id="boxServicos">
<div class="col-md-offset-5 col-md-2 box">
<a href="clinica.php"><p>CLÍNICA MÉDICA</p></a>
<a href="clinica.php"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" id="seta"></span></a>
</div>
<div class="col-md-2 box">
<a href="ultrassonografia.php"><p>ULTRASSONOGRAFIA</p></a>
<a href="ultrassonografia.php"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" id="seta"></span></a>
</div>
<div class="col-md-2 box">
<a href="laboratorio.php"><p>LABORATÓRIO </p></a>
<a href="laboratorio.php"><span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" id="seta"></span></a>
</div>
</div>
<div class="jumbotron" id="servicos">
<h3>NOSSOS VALORES</h3>
<hr>
<div class="row">
<div class="col-md-4">
<h4>Missão</h4>
<p>Oferecer um atendimento personalizado proporcionando ao cliente/paciente segurança, confiança e individualidade, aliados à rapidez nos resultados para atender às necessidades de cada um e contribuir para o diagnóstico clinico de seu médico.</p>
</div>
<div class="col-md-4">
<h4>Visão</h4>
<p>Estar sempre atento às novas tecnologias e formação profissional alicerçado por um controle de qualidade que dê segurança e confiabilidade nos resultados, garantindo a satisfação do cliente/paciente.</p>
</div>
<div class="col-md-4">
<h4>Valores</h4>
<p>Primar pela qualidade no atendimento onde cada cliente/paciente é acolhido e respeitado como ser humano que necessita de apoio pessoal, profissional e humanitário.</p>
</div>
</div>
</div>
<!--EQUIPE-->
<div class="row jumbotron text-justify" id="equipe">
<h4 style="font-weight:bolder;">NOSSA EQUIPE</h4>
<hr>
<div class="col-md-4">
<a href="#" class="thumbnail">
<figure id="equipe">
<img src="img/medico2.jpg" class="img-responsive">
</figure>
</a>
<p>Dra. Maria Célia Binder da Silva</p>
<hr>
<div class="caption">
Farmacêutica-Bioquímica, inscrita no CRF-2750 PR, graduada pela Universidade Federal do Paraná (UFP) em Curitiba no ano de 1981.
Pós graduada em analises clinicas pela Centro de Pós Graduação (CBES)
</div>
</div>
<div class="col-md-4">
<a href="#" class="thumbnail">
<figure id="equipe">
<img src="img/medico3.jpg" class="img-responsive">
</figure>
</a>
<p>Dr. Volni Luiz da Silva</p>
<hr>
<div class="caption">
Médico, inscrito no CRM 7937 PR, graduado pela Pontifícia Universidade Católica do Paraná (PUC), em Curitiba no ano de 1981.
Especialista em ginecologia e obstetrícia com título conferido pela FEDERAÇÃO BRASILEIRA das sociedades de ginecologia e obstetrícia (FEBRASGO) e ASSOCIAÇÃO MÉDICA BRASILEIRA.
</div>
</div>
<div class="col-md-4">
<a href="#" class="thumbnail">
<figure id="equipe">
<img src="img/funcionarios.jpg" class="img-responsive">
</figure>
</a>
<p>Nossa Equipe</p>
<hr>
<div class="caption">Lucineia Maria de Lima Galende,
Simone de Oliveira Moreira,
Ana Paula de Jorgi Rodrigues.
Uma equipe em constante formação, treinamento e responsabilidade que o cargo exige.
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="container box-destaques-footer">
<div class="row">
<div class="col-lg-4 col-md-6 col-sm-6">
<div class="row">
<h3>Horário de Atendimento</h3>
<hr>
<div class="col-sm-6">
<span style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Clinica médica</span>
<p>Seg - Sex 9:00 – 12:00 h - 14:00 – 18:00 h</p>
<p>Sab 8:30 – 11:00 h</p>
<p>Não atendemos UNIMED aos Sábados</p>
<p style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Agende seu Horário</p>
</div>
<div class="col-sm-6">
<span style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Laboratório</span>
<p>Seg - Sex 7:30 – 12:00 h - 113:30 – 17:30 h<p>
<p>Sab 7:30 – 9:30 h</p>
</div>
</div>
</div>
<div class="col-lg-4 col-sm-12">
<h3>Contato</h3>
<hr>
<span style="font-family:Trebuchet MS, serif;font-size:14pt;">Endereço:</span>
<p>Rua Padre Bernardo 1831, salas 1 e 2, centro</p>
<p>Santa Terezinha de Itaipu, Pr - CEP 85875-000</p>
<p>Fones: Clínica médica (45) 3541.2144 / 8822-6798 </p>
<p>Fone : Laboratório (45) 3541-2071 / 8822-7145</p>
</div>
<div class="col-lg-4 col-sm-12">
<h3>Social</h3>
<hr>
<div class="row">
<div class="col-xs-2"><img class="img-circle" src="img/iconFace.png" alt="" width="32" height="32"></div>
<div class="col-xs-2"><img class="img-circle" src="img/iconInsta.png" alt="" width="32" height="32"></div>
<div class="col-xs-2"><img class="img-circle" src="img/icon-google-circle.png" alt="" width="32" height="32"></div>
</div>
<p></p>
<div class="row">
<div class="col-xs-6">
<p class="btn btn-info"><a href="http://177.4.78.123:8080/ConcentWeb/servlet/hlab8003" target="_blank" style="color:#FFF">MANUAL ONLINE DE EXAMES</a></p>
</div>
<div class="col-xs-6">
<p class="btn btn-info"><a href="faq.php" target="_blank" style="color:#FFF">DÚVIDAS FREQUENTES</a></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<!-- jQuery (necessary for Bootstrap's JavaScript plugins) -->
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.3/jquery.min.js"></script>
<!-- Include all compiled plugins (below), or include individual files as needed -->
<script src="js/bootstrap.min.js"></script>
</body>
</html