A condição de repetição estava "<=", o correto é "<".
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br><br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var letras = ["A", "B", "C", "D"];
for(var i = 0; i < letras.length; i++) {
alert(letras[i]);
}
mostra("FIM");
</script>