Vi um curso de EJB que cita isso rapidamente. Mas a ideia é a seguinte, as checadas você precisa tratar e isso acaba sendo inviável, pois caso não seja tratado rapidamente, o código fica cheio the "throw" nas chamadas de funções e e seu tratamento é levado pra outra camadas da aplicação.
Na maioria das aplicações, as exceções que incluem validações são não checadas. Pois assim fica mais facil de desenvolver e facilita o tratamento no front-end.
Caso vc precisa executar o fluxo mesmo com gerando a exceção, então as do tipo checadas é uma boa escolha.
...mas como tudo na computacão, tudo depende.