Você precisa somar essas notas para poder fazer a média.

var total = 0;
 while (notas >= numeroNotas){
     var notasInd = parseInt(prompt("Qual a sua nota? "));
     total = total + notasInd;
     numeroNotas++;

 }

Na Média:

var calculoMedia = Math.round(total / notas);

Muito obrigada!!!