Olá David!
No exemplo que fiz aqui com o seu código a caixa de diálogo ficou fixa no centro do navegador. A questão é que para visualizar esse comportamento tive que acrescentar uns parágrafos para poder perceber.
Segue abaixo o código que utilizei:
<html>
<head>
<title>Exemplo</title>
<style type="text/css">
.box {
position: fixed;
top: 50%;
left: 50%;
padding: 3% 10%;
z-index: 9999;
box-shadow: inset 0 0 5px black,
0px 0px 0px 9999px rgba(0, 0, 0, 0.75);
background-color: #FFF;
font-size: 2em;
text-align: center;
transform: translate(-50%, -50%);
}
p{
line-height: 100px;
margin-bottom: 150px;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="conteudo">
<h3>Título</h3>
<p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Curabitur varius, mi ut semper mattis, risus lectus faucibus leo, nec sodales lorem diam quis velit. Proin porttitor metus sit amet nisl lacinia interdum. Donec malesuada dui in tristique convallis. Ut nulla erat, feugiat at est sed, accumsan ultricies elit. Etiam ut pellentesque. Curabitur in tincidunt nibh. Ut adipiscing, neque ut accumsan ornare, eros tellus tincidunt erat.</p>
<p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Curabitur varius, mi ut semper mattis, risus lectus faucibus leo, nec sodales lorem diam quis velit. Proin porttitor metus sit amet nisl lacinia interdum. Donec malesuada dui in tristique convallis. Ut nulla erat, feugiat at est sed, accumsan ultricies elit. Etiam ut pellentesque. Curabitur in tincidunt nibh. Ut adipiscing, neque ut accumsan ornare, eros tellus tincidunt erat.</p>
</div>
<div class="box">
Caixa de Diálogo
</div>
</body>
</html>
Veja se funciona no seu computador e se esclarece a sua dúvida.
Espero ter ajudado.
