Finalmente consegui resolver. Tive que apagar os conteúdos das seguintes pastas:
F:\treinamento\designer-tools\data-integration\system\karaf\caches\spoon\data-1
F:\treinamento\designer-tools\data-integration\system\karaf\caches\spoon\data-2
Além disso, eu apaguei a pasta .kettle, que fica lá na pasta do usuário.
Eu não sei o que aconteceu porque não usei nenhum acento na criação do repositório. Mas, descobri que o problema acontecia quando tentava criar variáveis diretamente no kettle.properties. Era só criar a variável e o botão desaparecia. Quando criei a variável pelo spoon o problema não aconteceu mais.