Solucionado
Abrindo no html um segundo scrip para java e inserindo mais um comando alert, a segunda pop-up que apareceu, exibiu automaticamente um checkbox escrito "Impedir que esta pagina crie caixas de diálogo adicionais". Porque isso acontece?
Ex do código html
<script>
alert ("Primeira pop-up");
</script>
<script>
alert ("Segunda pop-up, onde aparece o checkbox");
</script>
Oi Isabela.
Isso acontece pois, dentre outros motivos, existem alguns ataques que criam inúmeros alertas em seu browser impedindo você de fazer qualquer outra coisa e em alguns casos até travando seu computador. Por isso o Chrome te dá a opção de não receber mais alertas, impedindo assim esse tipo de ataque. Outro motivo é que talvez o usuário não quer mais ver esse tipo de alerta do site aí é só ele clicar na opção
Obrigada, Philippe!