O C é uma linguagem estrutural que compila diretamente pra código de maquina enquanto Java é orientado a objetos e compila para código que é interpretado pela máquina virtual. O C é uma linguagem antiga que não é mais usada hoje em dia sendo substituída pelo C++ que é orientado a objetos e compila diretamente pra código de maquina. Você pode aprender quantas linguagens sem problemas pois na raiz todas as linguagens são parecidas e trabalham com lógica. As vezes acontece de você confundir uma sintaxe de uma com a outra mas isso só atrapalharia se fosse fazer uma prova , pois se você erra o compilador avisa e você logo percebe o erro. Quais linguagens aprender depende muito do seu objetivo, se for uma carreira de TI não perca tempo estudando linguagens obsoletas. Mas se for por hobbie aprenda o que quiser.