Bundle em produção

Fala ai Daniel, tudo bem? Vamos lá:

1- O bundle é o conteúdo da página junto com os .js num mesmo arquivo?

O bundle vai ser a junção (por padrão) todo arquivo .js da sua aplicação.

Se minha aplicação tem várias páginas, ao clicar para uma nova página um novo bundle é criado?

Isso vai depender de como está a configuração, o ideal nesse cenário é que cada página baixe apenas o .js necessário para usá-la, isso é chamado de code splitting e lazy loading.

No arquivo "app,js" no qual inicializo a primeira instância da aplicação... neste mesmo arquivo ficaria as outras instâncias das outras páginas da aplicação?

Se sua outras páginas também chamar o app.js, sim.

No meu projeto pessoal, estou criando um arquivo "app.js" para cada página da aplicação para instanciar o objeto principal que vai chamar os outros módulos (classes). Está correto?

Isso vai depender do que é seu projeto pessoal, dizer que é correto ou errado é bem complicado, pois, varia muito de cenário para cenário.

Espero ter ajudado.