Olá João, tudo bem?
Os comandos mencionados devem ser executados na linha de comando do seu sistema operacional, dentro do diretório do projeto onde você está trabalhando com o Flyway.
Se você está usando o Maven como gerenciador de dependências e build do seu projeto Java com Spring Boot, você pode executar esses comandos através do próprio Maven.
Para executar os comandos usando o Maven, abra um terminal ou prompt de comando e navegue até o diretório do seu projeto. Em seguida, execute os comandos mencionados:
mvn flyway:clean
mvn flyway:repair
mvn flyway:migrate
O comando mvn é o comando para invocar o Maven. O prefixo flyway: indica que você está executando uma tarefa do plugin Flyway Maven. Em seguida, você especifica o objetivo da tarefa, como clean para limpar as alterações incompletas, repair para corrigir o histórico do schema e migrate para executar as migrações.
Certifique-se de ter o Maven instalado no seu sistema e que o Maven esteja configurado corretamente no ambiente. Além disso, verifique se você está no diretório correto do projeto antes de executar os comandos.
Após executar esses comandos, você pode tentar novamente a migração para a versão dois da sua aplicação.