Oi Natalia!
Que bom que tu trouxe isso, porque também já passei por algo parecido usando os Material Symbols!
Uma coisa que pode estar acontecendo é o layer duplicado acabar sendo posicionado atrás de algum outro elemento ou até fora do frame visível. Mesmo ele estando ali na lista de layers, pode ter mudado de ordem ou ficado fora da área útil da tela. Vale dar uma olhadinha nas propriedades de posição (x, y) e no frame pra garantir que ele esteja visível mesmo.
Outra coisa que já me aconteceu foi duplicar com Alt e o símbolo vir com a opacidade zerada ou com alguma máscara estranha aplicada. É raro, mas acontece. Tenta dar uma olhada também no painel de propriedades pra ver se tem algo de diferente nesse layer duplicado em relação ao original. E se nada disso resolver, pode ser sim um bug momentâneo da ferramenta. Reiniciar ou até reimportar o ícone às vezes resolve.
Boa sorte no projeto! Se tu descobrir o motivo exato, compartilha aqui com a gente depois? Pode ajudar mais gente que passar por isso.