Rafael,
A bola passa por toda a raquete quando acerta a lateral: pode estar acontecendo porque a detecção de colisão entre a bola e a raquete não está sendo tratada corretamente. Certifique-se de que você está detectando a colisão na lateral da raquete e ajustando a trajetória da bola de acordo. Verifique se os pontos de colisão estão corretamente definidos.
A pontuação está relacionada à lógica de colisão e ao sistema de pontuação do jogo. Verifique se a pontuação está sendo atualizada corretamente.
Acho a raquete do oponente está ficando presa no canto, pode ser devido a um problema na lógica de movimento das raquetes. Verifique se você está permitindo que a raquete do oponente se mova livremente em todas as direções e não está restringindo seu movimento, depois de adicionar sons o código pode ter sido alterado.
OBS: pode mandar os prints do Scratch....