Percebi que a resposta correta, letra B não funciona corretamente na prática.
Será que estou fazendo errado em algum passo ou realmente essa questão está com um erro?
(Até testei uma forma que funciona, mas o assunto é outro.)
Copiei o código da resposta correta, salvei em um arquivo .html e ao que me parece testando no navegador acontece um erro: Independente se eu respondo na caixa de pergunta "Substância 1 igual a Substância 2" ou "Substância1 diferente a resposta que aparece no navegar é a mesma:
"São substâncias bem diferentes"
O código da resposta correta é:
<meta charset="UTF-8">
<script>
    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }
    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }
    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {
        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {
        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }
</script> 
            