Braga desatento

Braga usou = na comparação dos parâmetro da if, assim a if vai interpretar que se a substancia 1 esta recebendo o valor da substancia 2, assim os valores serão interpretados como iguais e o resultado sera sempre que são substancias parecidas. Para corrigir é só alterar o = (recebe) para == (igual). Ficando assim:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>