Olá Vinicius, tudo bem? Espero que sim!
Desculpe pela demora em retornar.
Nesse tópico do stack overflow, há uma resposta indicando a diferença entre o boto3 e o SageMaker.
O SDK do SageMaker é um SDK simples e de alto nível focado na experimentação de ML. Ele abstrai completamente a complexidade da infraestrutura e é definitivamente o único a ser usado em notebooks.
Boto3 são SDKs de nível de serviço, dando a você controle total sobre 100% da API do SageMaker, assim como você obteria no EC2. Isso tem o custo de operações de nível inferior, mais detalhamento, entre outras coisas. Este SDK é melhor para produção, automação, etc.
Bons estudos!