Solucionado
Na aba inspector nos videos o professor usa um botão para aplicar os prefabs nos objetos, eu até então estava usando o método de pegar o objeto já pronto e jogava na pasta de prefab para salvar, mas dessa vez não está salvando os objetos. Gostaria de saber como que ativa o botão, não achei em nenhum video da internet, apenas mostrando como customizar o prefab, ams nada do que eu preciso.
Obs.: Descobri como, mas vou deixar a pergunta ai pra caso alguém não saiba, o método que eu descobri foi clickar com o botão direito no Componente do objeto lá no Inspector, lá vai perguntar se quer adicionar o componente e uma setinha que vai abrir mais uma aba para aplicar pra todos os prefabs do objeto, outro jeito também é clickar no Override no Inspector, só que você só pode clickar depois de fazer a mudança e não salvar ai ele deixa você aplicar em todos, mas cuidado que no meu caso a rua está bugada, tem duas ruas idênticas mas com nomes diferentes, uma tem o nome de rua Reta e a outra está como placa de perigo, então tem que dar uma olhada pra ver se aplicou realmente em todas.