Olá Ítalo,
Quando eu fiz o curso, eu também notei que haviam certas diferenças entre o meu layout e o do instrutor. Eu recomendo você a não se preocupar com isso, o objetivo de usar o bootstrap é exatamente pra não perder tempo com as questões de layout e focar na lógica de programação e interação com banco de dados.
Se por acaso estiver muito quebrado o layout e você tiver experiência com css, é melhor você arrumar o que estiver bem ruim com css puro.
Mas como disse antes, foca no PHP e MySQL que vai ser sucesso!
Bons estudos!