Oii, Jose! Tudo bem?
Para aplicar booleano e ter uma topologia boa, uma dica é usar o modo de edição para ajustar manualmente após a aplicação. Algumas ferramentas como a faca ("Knife") podem ser úteis para criar cortes mais limpos e reorganizar a geometria. E os modificadores como o "Subdivision Surface" pode ajudar a suavizar a malha, mas é importante garantir que a topologia esteja adequada antes de aplicá-lo.
Em alguns casos a triangulação pode ser acontecer, especialmente em modelos que não serão deformados, sempre que possível, busque uma topologia que facilite futuras edições e aplicações de outros modificadores.
Espero ter ajudado, desejo bons estudos!