Olá Fabrício!
Durante muito tempo desenvolvi sites em HTML e CSS e nunca encontrei padrão específico. E acabei adotando o seguinte padrão que faz sentido pra mim:
1) Dependendo do tamanho do site costumo colocar todas as regras CSS em um único arquivo chamado style.css; se o site é relativamente complexo divido o estilo em partes como header.css , content.css e footer.css e coloco dentro de uma pasta para facilitar a manutenção quando necessário;
2) As páginas do menu principal deixo na raiz; as paginas internas (se forem muitas) dentro de uma pasta chamada content; e arquivos do painel administrativo dentro de uma pasta chamada "admin".
3) As imagens do site coloco dentro de uma pasta chamada "img", e quando há envio de arquivos do usuário em uma pasta chamada "uploads"
Criei este padrão pra mim combinando o que eu observei de vários outros desenvolvedores, mas em nenhum momento percebi que eram regras de imutáveis. Apenas bom sendo para organização.
Espero ter ajudado.
Jr.