Oi Vitor Augusto. É bom sempre seguir um padrão quando você está escrevendo seu código, desse jeito fica mais fácil de no futuro você ler o código e de outras pessoas entenderem o que está acontecendo.

Na maioria das vezes a regra é: abriu uma { indenta um tab pra direita, fechou ele } vai um tab pra esquerda.

Abraços!

Oi Vitor, tudo bom?

O ideal é que as chaves fiquem em uma posição de facil visualização de onde começa e termina o bloco de código. Algo como:

for(contador = 0; contador < 3; contador++){
        var valorPerguntado = parseInt(prompt("Digite um numero de 1 a 10"));
            if(valorPerguntado == valorSorteado){
                mostra("Parabens, você acertou na mosca!!");
                break;
            }else{
                alert("Tente novamente");
            }
} // aqui fica facil ver que esse é o ponto onde o for acaba pois ele está alinhado com a declaração do for =)

Qualquer duvida, compartilhe com a gente! Bons estudos =)

Vitor, geralmente damos espaço quando escrevemos o conteúdo de um bloco. Você fez isso várias vezes, mas há um local no qual você utilizou uma indentação desnecessária e que não já correspondência do fechamento do bloco:

for(contador = 0; contador < 3; contador++){
        var valorPerguntado = parseInt(prompt("Digite um numero de 1 a 10"));

        // o IF abaixo está dentro de um bloco? Sim, o mesmo bloco da instrução acima, então era para vir na mesma coluna 
            if(valorPerguntado == valorSorteado){
                mostra("Parabens, você acertou na mosca!!");
                break;
            }else{
                alert("Tente novamente");
            }
        } // essa chave fecha a chave de quem? Não é do for, então deveria vir na mesma coluna.

Vou alterado todo o seu código usando essas recomendações:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {

        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {

        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    // var valorSorteado = Math.round(Math.random() * 10);
    var valorSorteado = 3;
    var contador = 0;

    for(contador = 0; contador < 3; contador++) {

        var valorPerguntado = parseInt(prompt("Digite um numero de 1 a 10"));
        if(valorPerguntado == valorSorteado) {

            mostra("Parabens, você acertou na mosca!!");
            break;
        } else {

            alert("Tente novamente");
        }
    }

    if(contador == 3) {

        mostra("Você errou as 3 tentativas, que azar em rsrs")
    }

    // } esse cara não existe, esta sobrando!

</script>

Eu gosto de pular minha lista depois de um {. Mas isso é gosto do programador. A ideia é que você escreva o código de um jeito que você consiga entender seu código, para que ele fique mais fácil de manter. Não vai no meu bico não, você tem que sentir quando facilita ou não determinada organização ou convenção.

Valeu galera, analisando a resposta de vocês deu para perceber que é legal mesmo seguir as boas práticas.