Boa noite carlos, tudo bem?
Sua primeira pergunta depende de outras premissas, como:
- Se o sistema é um serviço;
- Se ele é executavel;
- Se são apenas os dados.
Por definição cada diretório tem um 'função', contudo nada te impede de criar diretórios onde voce quiser. vide explicações abaixo:
Diretorios
Minha dica aqui é: crie o seus sistema onde melhor se encaixa para voce. Exemplo:
Precisei configurar um servidor de tacacs+, e separei assim:
- Arquivos de config: /etc
- Logs: /log
- Banco de Dados: /opt
A escolha de deixar o banco no /opt foi puramente porque a pasta tinha mais espaço ja definido, mas não me impede de colocar ela o /srv por exemplo.
Quando a sua segunda duvida: Por padrão voce não vai perder os seus dados.