Resolvi.
Causa:
O "position : fixed" acaba sendo relativo ao view-port e seu "z-index" por padrão é menor do que o z-index do "position: absolute" que é relativo ao seu acestral mais próximo.
Assim, setei o z-index do meu elemento fixed para 10 e o z-index do meu elemento de conteúdo "main class="content"" para 1;
Assim, funcionou perfeitamente.
.content{
position: relative;
z-index: 1;
}
.main-title{
font-family: 'Oxygen';
font-size: 140%;
width: 100%;
padding: 2em;
background-color: #3d3d3d;
font-weight: bold;
color: #fffa65;
position: fixed;
top:0;
overflow: hidden;
z-index: 10;
}
footer {
padding: 0.8rem;
clear: both;
position: fixed;
bottom: 0;
width: 100%;
color: #fff;
background-color: #4b4b4b;
font-family: 'Source Sans Pro', sans-serif;
z-index: 10;
}