Olá Rafael, tudo bem? Espero que sim!
No momento da transformação das regiões para "capital", "interior" e "outros", você pode usar a seguinte transformação:
func_t <- funcionarios %>%
mutate(civil = factor(civil, label = c("solteiro", "casado"), levels = 1:2),
instrucao = factor(instrucao, labels = c("1º grau", "2º grau", "superior"), levels = 1:3),
regiao = factor(regiao, labels = c("capital", "interior", "outros","outros"), levels = c(2,1,3,9)))
Dessa forma os registros com valor 9 em região irão se tornar outros, assim como os registros com valor 3. Dessa forma teremos 3 tipos de registros distintos em região.
Bons estudos!