Fiz com duas funções dentro de função anonimo da setInterval

 setInterval(function(){
     //logica
    }
 , 3000);

Segue o programa completo

<!-- bandeiras.html -->

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

function desenhaBandeiraBrasil() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle="green";
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    pincel.fillStyle="yellow";
    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(300, 50);
    pincel.lineTo(50, 200);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.beginPath();
    pincel.moveTo(50, 200);
    pincel.lineTo(300, 350);
    pincel.lineTo(550, 200);
    pincel.fill();

    pincel.fillStyle="darkblue";
    pincel.beginPath();

    pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2* 3.14);
    pincel.fill();
}


function desenhaBandeiraAlemanha() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle = 'black';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'red';
    pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

    pincel.fillStyle = 'yellow';
    pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
}

function limpaTela() {
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.clearRect(0, 0, 600, 400);
    }
    var indo = true;
    var vindo = false
    var x = 20;

function atualizaTela() {
        limpaTela();

        var contador = 1;
        setInterval(function(){
            if(contador++ % 2){
                desenhaBandeiraBrasil();
            } else {
                desenhaBandeiraAlemanha();
            }

        }
        , 3000);

    }

    setInterval(atualizaTela, 3000);

</script>