Babel! Porque esperar até o 3 módulo

Oi Alan, o Flávio provavelmente vai passar por aqui e deixar com certeza seu esclarecimento, mas respondendo a sua pergunta com base no que acredito ser o motivo deixo aqui minha contribuição.

Até o terceiro modulo o Flávio quis introduzir principalmente as features da ES6 com foco. Além de que, ele garantiu que tudo que ia ser utilizado estava com suporte. Contudo, exportação e importação de módulos javascript entre outras features ainda não eram suportadas e ainda mais, não eram a preocupação inicial do curso. Por isso o Babel se tornou mais relevante, não somente por causa disso, mas também porque o Babel será muito útil também em cenários mais avançados da linguagem.