aws máquina windows

Olá, Marcos. Tudo bem?

Como na maioria das questões relativas à ferramentas em tecnologia, a melhor ferramenta será aquela que melhor resolve seu problema.

Usar Linux para fazer o deploy de sua aplicação pode te trazer vantagens em relação ao custo, que é menor que o do Windows (e na maior parte dos casos é gratuito em relação ao uso do Sistema Operacional), facilidade de materiais para resolver problemas, variedade de soluções, facilidade de encontrar profissionais (já que é o sistema mais usado nesse quesito), possibilidade de auditar o código fonte e alterar algo se for preciso etc.

Mas a depender do seu caso, se sua aplicação for feita com tecnologias da Stack da microsoft, tipo um .Net da vida, talvez valha mais a pena fazer o deploy dela no próprio Windows, talvez por ter uma melhor integração e facilidade de deploy. Outra vantagem do Windows é o suporte técnico (distribuições como o Red Hat Linux também possuem), que é fundamental em ambientes Enterprise (como aplicações financeiras).

Você precisa analisar os Prós e Contras, as suas necessidades e contexto para tomar a decisão que for melhor para o seu problema específico. Mas diria que para a maioria dos casos é seguro usar o Linux, seja por estabilidade, qualidade, performace, transparència ou custos.

Espero ter ajudado.