Entendi.
A ação Desfazer (atalho Ctrl + Z) tem um limite de quantas vezes pode ser executada. Por padrão, você pode efetuar o comando 50 vezes. A título de conhecimento, esse valor pode ser mudado indo em Edit > Preferences > Performance, na caixa History States. Importante saber que quanto maior o valor, mais pesado o arquivo vai ficar.
Salvar o documento não vai impossibitar o Ctrl + Z para retornar ao estado original da imagem (a menos que você tenha feito mais de 50 ações distintas, que podem ser dos mais varios tipos): você poderá desfazer o mesmo número de vezes que seria capaz caso o arquivo não tivesse sido salvo. Salvar e fechar, por outro lado, vai confirmar as transformações que foram feitas. Sendo elas destrutivas (você já está familiarizado com este conceito e com a natureza dos Objetos Inteligentes, pelo que percebi), você não será mais capaz de retornar aos estados anteriores do documento, como conseguiria se o mesmo não tivesse sido fechado.
Espero ter ajudado.
Abraços