Fala Nikolai, beleza brother?
Por incrível que pareça, esse é um problema extremamente comum, principalmente quando o vídeo a ser editado foi feito em smartphones. Boa parte dos smartphones, para que tenha uma facilitação no processamento ele gera os frames de forma variável, método esse que só é eficiente pros players de vídeo, como um vlc, media player classic e afins, pois ele sintetizam os frames e o audio, e pro usuário essa "falta de sincronia" não fica visível. Já no caso dos editores de vídeo, que de fato expandem a leitura dos frames, essa variação fica nítida e assim fica praticamente impossível você conseguir edita-lo.
Mas então, o que fazer?!
Existe uma aplicação open source, chamada de HandBrake.
Depois que você baixar e instalar, o processo é bem simples:
Na parte superior da ferramenta, clique em Open Source, e procure o arquivo que está dando esse problema, feito isso na aba de configurações de vídeo, habilite a taxa de frames que você quer, claro, levando em consideração a taxa de frames que seu vídeo já tem e por fim habilite a opção Constant Frame.
Depois disso é só escolher o destino do arquivo e pressionar o start que seu arquivo vai ficar de boa para editar ;)
Espero ter ajudado, bons estudos!