Olá!
Minha dúvida se dá na atualização da segunda variável (quantidadeCarbono2).
A priori, ela vêm de dado de entrada do usuário. Na sequência, e com o mesmo "nome", ela é ajustada (+ 2).
Por que não é necessário o uso de uma terceira variável para o ajuste de + 2?
Abaixo programa com uma terceira variável (quantidadeCarbono2Ajustada).
Aproveitando, também notei que mesmo sem o uso da tag var nesta terceira variável, o programa também roda. Por que não é preciso inserir novamente a tag var?
<meta charset="UTF-8">
<script>
    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }
    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }
    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));
    quantidadeCarbono2Ajustada = quantidadeCarbono2 + 2;
    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2Ajustada) {
        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {
        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }
</script>Tks in advance!
 
            