Solucionado (ver solução)
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as definições do script

As definição do cs, pan, e o outro que não me lembro o nome precisa ser definido o local e arquivo? Por exemplo tenho um projeto e gostaria de fazer esse check mas sem definir um arquivo exato e sem também que isso vai para o ambiente de produção para outros devs

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Não entendi sua dúvida, Thamiris.

Ah fizemos o check no arquivo composer, para cada vez que o check executado ele será feito o phpcs e o pan, mas definimos o arquivo exato que ele irá rodar então se eu tivesse outro arquivo e tentasse executar o check não funcionaria?

solução!

Ah, entendi. Cada ferramenta vai ser configurada de uma forma para ler todos os arquivos do seu projeto. O phpcs, por exemplo, pode receber uma pasta ao invés de um arquivo. O phan pode ter um arquivo de configuração para definir quais arquivos analisar. :-)

Não entrei em detalhes sobre isso no treinamento porque o foco era composer. :-D