Solucionado
No vídeo quando acessa a pasta var/www/html o arquivo harvester não aparece no meu linux. E eu acho que faz falta pois o index.html aponta para o servidor apache e não ao endereço da Multillidae clonado. Se eu digito o ip do Kali Linux no browser o site clonado aparece normalmente, mas ao configurar o index.html no Leafpad ao invés de ser o arquivo do site clonado esse arquivo é o do apache.
O problema era esse mesmo e obrigado pela ajuda, mas a resolução foi um pouco diferente e vou deixar ela aqui caso alguém tenha o mesmo problema.
Tive que encontrar o arquivo set.config: cd /etc/setoolkit/, depois abri-lo: gedit set.config &, depois de abrir o arquivo no gedit eu alterei o campo APACHE_SERVER=OFF para ON e o problema foi resolvido. No final executei o setoolkit de novo e o arquivo harvester estava na pasta var/www/html.
